タヤマから奪ったリモコンで無限発電炉「ヤマト」を起動したと思ったら一面砂漠の世界に。この世界を脱出するために右往左往します。

ワルターについていく選択をしたので、リリスの指示に従って市ヶ谷駐屯地へ。そこにはタヤマが待ち構えていました。

ガイア教団トップのユリコの言葉にしたがって、タヤマの秘密を暴くために六本木の地下へ向かいます。そこでサムライ一行が見たものとは…。

阿修羅会のボス、タヤマのお誘いをうけてホイホイ渋谷へ赴くサムライ一行。タヤマの口から出た言葉とは…。

黒きサムライの追跡が終わったところで、たまったクエストを消化していきます。それから次の目的地、新宿御苑へ。